Kulttuurihistorialliset kokoelmat
Jyväskylän yliopiston tiedemuseon pääkokoelmat kertovat oppilaitoksen vaiheista:
Jyväskylän seminaarin kokoelma
Sisältää seminaarin toimintakauteen 1863–1937 liittyvää aineistoa sekä seminaarista valmistuneiden myöhempään toimintaan liittyvää aineistoa. Kokoelmassa on muun muassa opetusvälineitä, kalusteita sekä käsitöiden ja piirustuksen harjoitustöitä. Seminaarin kokoelma sisältää Suomen ensimmäisiä opettajakoulutuksen opetusvälineitä, kuten hyvin laajan kuvataulukokoelman. Tiedemuseon opettajankoulutuksen historiaan liittyvät kokoelmat ovat kansallisesti merkittävät. Jyväskylän seminaarin virka-arkisto ja toverikunnan (oppilaskunnan) arkisto ovat Kansallisarkiston Jyväskylän toimipisteessä.
Jyväskylän kasvatusopillisen korkeakoulun kokoelma
Sisältää korkeakoulun toiminta-aikaan 1934–1966 liittyvää aineistoa sekä korkeakoulusta valmistuneiden myöhempään toimintaan liittyvää aineistoa. Kokoelmassa on mm. vanhimpia kasvatustieteen ja psykologian opetus- ja tutkimusvälineitä, laaja opiskelijaelämään liittyvä dokumentointiaineisto sekä käytännön aineisiin liittyviä harjoitustöitä kuten piirustuksia ja käsitöitä.
Jyväskylän yliopiston kokoelma
Sisältää yliopistoon liittyvää aineistoa alkaen vuodesta 1966. Kokoelmassa on mm. opetus- ja tutkimusvälineitä ja muuta tieteen historian aineistoa, kalusteita, konttorikoneita ja muita työvälineitä sekä laaja kuva-arkisto.
Uno Cygnaeuksen kokoelma
Jyväskylän seminaarin perustajan ja ensimmäisen johtajan Uno Cygnaeuksen aineiston tallentaminen aloitettiin 1910-luvulla. Hänen poikansa Walter Cygnaeuksen testamenttilahjoituksena vuonna 1932 seminaarin museon kokoelmiin saatiin Uno Cygnaeuksen työhuoneen kalusto pikkuesineineen. Kokoelmaan kuuluu myös Cygnaeuksen keräämiä luonnontieteellisiä näytteitä.
Jyväskylän yliopiston ylioppilaskunnan kokoelma
Sisältää vuodesta 1934 lähtien mm. ylioppilaskunnan arkiston, ylioppilaskunnan ja ylioppilaslehden kuva-arkistot ja ylioppilaskunnan muistoesineistöä. Opiskelijatoimintaan liittyvät myös Pohjanmaan, Hämäläis-Satakuntalaisen ja Itäsuomalaisen osakunnan kokoelmat.